La pesca de arrastre de fondo dentro de los espacios protegidos ha generado un choque entre los departamentos de Transición Ecológica y de Agricultura. La Comisión Europea sugirió hace algo más de un año a los Estados miembro de la UE que este tipo de práctica no selectiva de captura debería estar vetada a partir de 2030 en todos los espacios protegidos. El Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación español, como el de otros países europeos, reaccionó contra esta medida y rechaza que deba seguir esas recomendaciones. Mientras, el Ministerio para la Transición Ecológica, como muchos de los departamentos con competencias medioambientales de la UE, se ha mostrado favorable a la aplicación de restricciones a los tipos de pesca más agresivos para las especies que se protegen en las reservas marinas, aunque sin llegar a aplicar un veto genérico en todas las áreas.